虽然微痛人流是小手术，但是感染了却同样令人头疼：手术环境差、器械消毒不严格、操作不当等均会导致感染继而引发炎症如宫颈炎、盆腔炎等。如果炎症经久不治，致病菌可上行感染，易引发其他生殖系统疾病，也有可能导致输卵管堵塞性不孕。这种因人流术感染而不孕的病例并不少见，２００５年权威数据表明，４２％继发性不孕因多次人流感染所致。
为了达到人流手术环境的绝对洁净，避免手术外源性感染，近年来，西方发达国家纷纷把人流手术放到层流净化手术室里进行，这是人流手术中一个里程碑，使手术的安全性又提升了一个新的台阶。人流手术是否在层流净化手术室进行，已经成为衡量一个医院人流手术安全性的硬性指标。
◆其次考虑会不会导致不孕？
人流在导入可视技术之前，单靠临床医生的经验和手感来完成，由于无法了解到宫腔内的具体情况，稍有不慎就会因操作不当造成子宫穿孔、大出血等状况，特别是对于异位妊娠、子宫异位、畸形子宫等，更易发生意外。瞎子摸象的过程总体来说容易损伤子宫，这为以后再次妊娠留下了隐患，部分多次刮宫的人很容易小产，甚至导致终身不孕。西安莲湖生殖医院医院引入了目前国际上较先进的宫腔镜取胚术，在可视的基础上显微镜的应用使得手术精雕细琢，把对子宫的伤害降到较低。
